Целевое учреждение “Тартуская церковь Святого Павла” основано городом Тарту и приходом тартуской церкви Святого Павла Эстонской евангелическо-лютеранской церкви 22.12.2005 г. с целью реновации, использования и сохранения церкви.    

Еще в 2006 году целевое учреждение “Тартуская церковь Святого Павла” организовало архитектурный конкурс с целью найти проектировщиков, и в 2007 году было начато как архитектурное проектирование, так и проектирование инженерных систем. 

В 2008 г. поэтапно были начаты строительные работы – был углублён фундамент, построена крипта, реконструирован флигель и построен колумбарий. В 2012 году при поддержке проекта ЦУРП началась реновация церковного здания, работы по озеленению шли весной и летом 2015 года.

Целевое учреждение заведует также маркетингом тартуской церкви Святого Павла и изданием материалов, касающихся данной сферы.