1933–1944

Seurakunnan kasvun ja sisäisten ristiriitojen takia seurakunta jakautui vuonna 1934 ensimmäiseksi ja toiseksi aliseurakunnaksi. Seurakunta jakautui Arthur Võõbusin ja Harri Haamerin kannattajiin. Ennen sotaa tilanne kahden aliseurakunnan välillä oli muuttunut niin ongelmalliseksi, että harkittiin kahden eri seurakunnan perustamista. Asian ratkaisivat toinen maailmansota ja Viron uusi poliittinen tilanne.

Ristiriidoista huolimatta seurakunnassa elpyi hengellinen toiminta, ja seurakunta oli aktiivisempi kuin aikaisimpina vuosina. Kummassakin aliseurakunnassa aloitettiin lasten- ja nuorisotyö, toimivat kuorot.

Pian toinen aliseurakunta tunsi tarvitsevansa oman kanslian. Niinpä alimman kerroksen takaosaan tehtiin lisärakennus ja sen yläpuolelle toiseen ja kolmanteen kerrokseen asuntojen parvekkeet, jotka suunnitteli arkkitehti Nikolai Kuzmin vuonna 1938.

Kirkko syttyi palamaan sodan aikana 25. elokuuta 1944. Useat kirkon ja sivurakennuksen tulenarat osat tuhoutuivat. Säilyivät tornin porraskaiteet ja kuoriosan ikkunat, mutta myös ulkoseinät, pilarit ja palossa vahingoittunut alttariveistos.