В 1934 году вследствие разрастания прихода и наличия внутренних противоречий приход разделился на I и II паствы. Приход разбился на сторонников Артура Выыбуса и Харри Хаамера. До войны отношения между двумя паствами иногда становились столь сложными, что взвешивался вопрос, не создать ли два разных прихода. Вопрос разрешила II мировая война и новые политические обстоятельства в Эстонии.
Несмотря на противоречия, в приходе оживилась работа священников, и приход стал более активным, чем в прежние годы. В обеих паствах начали заниматься с детьми и молодежью, работали хоры.
Вскоре вторая паства ощутила потребность в своей канцелярии. Так в задней части первого этажа появилась пристройка, над нею в квартирах на втором и третьем этаже построили балконы, которые в 1938 году спроектировал архитектор Николай Кузьмин.
25 августа 1944 г. церковь загорелась в пожаре войны – сгорело большинство деталей церкви и флигеля, поддающихся пламени. Сохранились перила лестницы, ведущей на башню, и окна апсиды; однако и стены, и колонны и алтарная скульптура пострадали от огня.