1988 – настоящее время
Интерьер, предшествовавший сегодняшнему, обновлённому внешнему виду, церковный зал приобрёл к Рождеству 1997 года. Этот интерьер спроектировал архитектор Ильмар Каннельмяэ. Стены зала (частью) были окрашены в голубой цвет, их окаймляла декоративная полоса и надпись “Приидите ко Мне, все труждающиеся и обремененные, и Я успокою вас”.
Витражный крест оформила Ээва-Аэт Янес. Новый алтарь и алтарная решётка были изготовлены по довоенному образцу, по эскизам Эрика Пярна. Андреас Сестер изменил оформление прежней кафедры, добавив к ней мелкие детали.
В 1987–1988 годах Эстонский национальный музей проводил работы по перестройке своей части здания, к этому времени относятся металлические складские полки. Чтобы покрыть расходы на аренду, летом 1998 года музей покрыл часть церковного зала новой черепитчатой крышей, которая, однако, отличалась от первоначальной.
10 сентября 1999 г. церковная башня была увенчана шпилем, медную жесть которого покрыли лаком во избежание потускнения от предстоящего окисления и появления патины. Осенью 2000 года площадка перед церковью была вымощена камнем. В 2001 года Музей спорта освободил церковный флигель, и там провели частичный ремонт.
Начиная с 28 июня 2002 г., в сотрудничестве с Отделом социальной помощи города Тарту церковь оказывает необходимую социальную помощь лицам, не имеющим никакого дохода. Для распределения социальной помощи служат отремонтированные помещения в подвальном этаже прихода.
21 сентября 2005 года приходу была передана часть церкви, находившаяся в пользовании Эстонского национального музея. Теперь тартуская церковь Святого Павла полностью принадлежит приходу. Сразу же в повестку дня был включен вопрос о реновации церкви.
В 2005–2015 гг. церковь Святого Павла была отремонтирована в полном объёме. Были отстроены помещения, находящиеся под церковью, – крипта, колумбарий и вспомогательные помещения. Были отремонтированы флигель и церковный зал, также в полном объёме.
12 сентября 2015 состоится новое освящение тартуской церкви Святого Павла и торжественное мероприятие, посвящённое её открытию. Будет исполнена оратория Рудольфа Тобиаса “Послание Ионы”.