1988-2015

Tänasele renoveeritud ilmele eelnenud sisekujunduse sai kirikusaal 1997. aasta jõuludeks. Sisekujunduse kavandas arhitekt Ilmar Kannelmäe. Saali seinad värviti (osaliselt) helesiniseks ja said sõjaeelse eeskujul ehisriba ning kirja „Tulge minu juurde, kes olete vaevatud ja koormatud ja mina annan teile hingamise“.

Vitraažristi kavandas Eeva-Aet Jänes. Uus altar ning altarivõre valmistati sõjaeelse eeskujul ja Erik Pärna kavandite alusel. Andreas Sester kujundas ümber senise kantsli, lisades sellele pisidetaile.

Eesti Rahva Muuseum tegi oma osas ümberehitustöid 1987-88. aastal, sellest ajast on pärit ka lao metall-riiulid. Muuseum pani 1998. aasta suvel rendi katteks kirikusaali osale uue kivikatuse, mis aga erines algsest katusekattest.

Kirikutorn sai 10. septembril 1999 endale kiivri, mille vaskplekk on oksüdeerumisest tuleneva tumenemise vältimiseks lakitud. 2000. aasta sügisel kaeti kirikuesine kivisillutisega. 2001. aastal vabastas Spordimuuseum kiriku tiibhoone ja selles tehti osaline remont.

Alates 28. juunist 2002 toimub koostöös Tartu Linna Sotsiaalabi osakonnaga vältimatu sotsiaalabi andmine isikutele, kellel puudub igasugune sissetulek. Sotsiaalabi jagamise jaoks on remonditud ruumid koguduse keldrikorrusel.

21. septembril 2005 anti kogudusele üle Eesti Rahva Muuseumi poolt kasutatud kiriku osa. Tartu Pauluse kirik oli nüüd lõpuks täiesti koguduse päralt. Kohe võeti päevakorda ka kiriku renoveerimine. 

Aastatel 2005-2015 renoveeriti Pauluse kirik täies ulatuses. Ehitati välja kiriku all asuvad ruumid - krüpt, kolumbaarium ning abiruumid. Renoveeriti tiibhoone ja täies ulatuses ka kirikusaal. Kirikuümbrus sai korraliku aia ja haljastuse.  Kirik renoveeriti arhitektide Merja Niemineni ja Kari Järvineni Eliel Saarinenist inspireeritud projektide järgi, sisekujundus sündis koos Markku Norsiga. 

12. septembril 2015 toimus Tartu Pauluse kiriku taaspühitemine ning pidulik avamisüritus. Ettekandele tuli Rudolf Tobiase oratoorium "Joonase lähetamine". 

Pauluse kiriku restaureerimine on saanud Muinsuskaitseameti tunnustuse osaliseks - esimene hästi restaureeritud mälestiste kategoorias 2015. aastal.  Samuti on kirik nimetatud 2015. aasta Lõuna-Eesti parimaks turismiobjektiks ja Pauluse kiriku rekonstrueerimist vedanud Nordecon ASi projektijuht Peeter Voovere pärjati Aasta ehitajaks 2015.